La comuna de Aysén cuenta con una superficie de 29.796,4 km2, siendo la comuna más grande la región.
El nombre de la comuna proviene del fiordo Aysén, según Moraleda su significado sería “internación”. También existe el termino Huilliche “Achen” que quiere decir “desmoronarse, desmembrarse” y también está el vocablo Tehuelche “Aichirrn” que significa “desmoronado o retorcido”, haciendo alusión a la compleja geografía de la zona, todos estas definiciones hacen alusión a la particular geografía del fiordo homónimo, aunque dicen también que el nombre podría tener un origen inglés “ice end”, el fin de los hielos, propuesta que se le atribuye a Robert Fitz-Roy capitán del navío HMS Beagle.
Esta comuna se caracteriza por su accidentado paisaje que lo hace único, con infinidad de fiordos, islas, canales, golfos, lagos, lagunas, ventisqueros, volcanes y montañas. Las precipitaciones son copiosas en esta zona por su cercanía al mar, teniendo un clima frío oceánico del sector de archipiélagos e islas y vertiente occidental de los Andes Patagónicos, al tener dicho clima permite que abunde la vegetación siempre verde.